Meskipun memiliki kelebihan, sistem pakar juga memiliki keterbatasan yang perlu diperhatikan. Beberapa keterbatasan tersebut adalah:
Tergantung pada kualitas basis pengetahuan. Sistem pakar hanya dapat memberikan solusi yang baik jika basis pengetahuannya lengkap, akurat, dan relevan. Jika basis pengetahuan kurang baik, maka solusi yang dihasilkan oleh sistem pakar juga akan kurang baik.
