Skalabilitas dan kebutuhan komputasi: Semakin besar dataset yang digunakan, semakin besar pula kebutuhan komputasi dan sumber daya yang diperlukan.
Interpretabilitas dan objektivitas: Beberapa algoritma data mining, seperti neural network, sulit diinterpretasikan secara manusiawi. Selain itu, bias dan kesalahan manusia juga dapat mempengaruhi hasil analisis.